「回想首次來到中大校園，當時我還是黃毛小子，中大校園的美景卻一直深印腦海，教人神往。」那是段崇智在2018年出任香港中文大學校長第一日，在元旦寫給師生的信。
昔日他在皇仁書院預科畢業，其後遠赴美國攻讀博士，並在美國多間醫院研究生物醫學，是一位生物醫學的學者。由美國回流香港，獲遴選委員會一致推薦為校長人選，在這個山城六年，卻遇上了前所未見的驚濤駭浪。
中大之役後 「段爸」被狙擊
上任蜜月期不久，段崇智擔任中大校長第二年，隨即爆發香港近年最激烈、影響最深遠的反修例運動，多場社會衝突，延伸至校園內，包括中文大學。示威者曾堵塞校園鄰近的交通要道，警方亦向校園施放數千枚催淚彈。
段崇智曾與學生對話，聆聽學生的心聲，事後發公開信，提及「我看到同學無助的眼神，哭訴他們親身所受的身心痛楚」、「同學的每一句說話都打進我的心坎裏，讓我非常的痛心及難過」，認為每一位同學，無論持何種立場及價值觀，無論曾否犯錯，都是中大的學生，作為師長，必須教導同學為自己的言行負責任，而大學出於關愛，亦須為同學爭取應有的權益，不會隨便放棄任何一位同學。
在中大二號橋衝突最劍拔弩張之時，警察與學生和示威者對峙時，段崇智曾走入人群，在兩方人中勸說與斡旋。然而，當時的防暴警察表明，目前並非談判的時候，要求段崇智立刻離開，隨後向人群發射多枚催淚彈。吃過催淚彈的大學校長，曾令段崇智一度有「段爸」之稱。
段崇智同年獲入選《泰晤士高等教育》年度人物之一，評論形容，過去多月，段崇智有接觸和聆聽學生的委屈，同時呼籲停止暴力，即使受到部分機構抨擊，他仍保持平衡的角色。並站在示威者和警察的戰場之間尋求和平的解決方法。
不過，正因如此，這位大學校長往後不斷遭受建制派的狙擊，除了全國政協副主席、前特首梁振英不時在社交平台點名批評段崇智外，香港警察隊員佐級協會也曾發聲明，指段崇智身為科學家，僅憑被捕學生的片面之詞，便公開對警方作出質疑，又指中大二號橋事件，校園淪為製造汽油彈和其他武器的兵工廠，令人聯想起公開信和二號橋事件之間的因果關係，難以排除對學生的聲援，成為「黑暴」份子採取更激進行動的誘因。
翌年，《港區國安法》空降香港《基本法》附件時，港大、中大、理大、教大及嶺大，五間大學校長發聲明，表示理解訂立國家安全法的必要性，並珍惜《基本法》所保障的言論、新聞、出版及集會自由等權利。
山城變遷 校董會改組 副校被炒
運動落幕，國安法時期下，中文大學收緊開放校園政策，出入校園需要登記資料，更移走屹立在校園門口多年、象徵自由價值的民主女神像。山城的變遷，就如同香港的縮影。
最後一根稻草，是中大校董會改組爭議。由身兼中大校董的建制派立法會議員提出大學條例修訂草案，建議中大校董會人數由55人減至34人，校外與校內校董的比例改成約2:1，並修改聘任校長的方法等。
不分政治光譜、過千人聯署反對，當中包括多位政商界人物；但議案最終在2023年11月三讀通過。而段崇智也被議員批評，多次缺席立法會質詢。
一個月後，曾參與聯署的時任中大副校長吳樹培被解僱。段崇智在「校長的話」60年校慶的文章中，開腔感謝吳樹培，在中大的歷史變遷中，留下一記。
再一個月後，中大引述段崇智的話：「按照修訂後的大學條例，中大落實新的管治架構，我認為此時是讓大學物色一位新校長的合適時機。」
「香港是我出生及成長的地方，能夠回到我的家，並獲委以重任服務這所偉大學府及整個大學群體，履行中大的創校使命，是我畢生的光榮。我衷心感謝中大社群在過去六年來給予我的支持。在未來12個月，我將不遺餘力確保大學的管理及運作得以暢順延續及過渡。」
中大指，校董會主席昨天已收到段崇智請辭，將於明年1月卸任校長職務。